O Ιωάννης Νινιός γεννήθηκε το 1891 στην Καλαμάτα. Oλοκλήρωσε τις γυμνασιακές του σπουδές στη γενέτειρά του και το 1907 ενεγράφη στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από το οποίο αποφοίτησε το 1917. Κατά τη διάρκεια των προπτυχιακών σπουδών του εργάστηκε ως υποβοηθός στο Παθολογικό Τμήμα του Πολιτικού Νοσοκομείου Αθηνών, το οποίο τελούσε υπό τη διεύθυνση του Καθηγητή Μακκά. Μετά την αποφοίτησή του από την Ιατρική Σχολή κατετάγη κατόπιν διαγωνισμού στον στρατό με το βαθμό του ανθυπιάτρου και το 1923 τοποθετήθηκε Διευθυντής του Στρατιωτικού Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης. Το 1925 μετέβη στο Παρίσι όπου επί ένα έτος ειδικεύτηκε στην Καρδιολογία, την οποία στη συνέχεια άσκησε επιστρέφοντας στη Θεσσαλονίκη. Διακρίθηκε για τις επιστημονικές του μελέτες στον τομέα της καρδιολογίας, πολλές εκ των οποίων δημοσιεύθηκαν στο περιοδικό "Ελληνική Ιατρική".
