O Εμμανουήλ Μπότας εργάστηκε στη Θεσσαλονίκη ως Τμηματάρχης Παθολογικών Τμημάτων του Δημοτικού και του Θεαγενείου Νοσοκομείου, διδάσκοντας παράλληλα το μάθημα της Υγιεινής στο Πειραματικό Σχολείο του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Υπήρξε στενός συνεργάτης του περιοδικού "Ελληνική Ιατρική" και ιατρός ο οποίος εκτιμάτο ιδιαίτερα από τους συναδέλφους του, σε βαθμό τέτοιο ώστε να τον εκλέξουν Πρόεδρο της Ιατρικής Εταιρείας Θεσσαλονίκης κατά την περίοδο 1948-1949. Απεβίωσε στην Αθήνα το 1952.